La vicenda delle spoglie di Dante è travagliata. Da subito furono, infatti, oggetto di una contesa tra i Ravennati e i Fiorentini.
Nel 1519 l’Accademia Medicea inviò al pontefice Leone X Medici una petizione per avere a Firenze le ossa di Dante, sottoscritta anche da Michelangelo. Leone X approvò il trasferimento a Firenze.
Appresa la notizia, i frati francescani prelevarono le ossa e le nascosero all’interno dei chiostri del monastero.
Nel 1810, a causa della soppressione degli ordini religiosi per volere di Napoleone, i francescani dovettero abbandonare il convento e seppellirono la cassetta contenente le ossa sotto la soglia della porta di un muro che si trovava tra la basilica e il quadrarco di Braccioforte. Il coperchio recava la scritta “Dantis ossa a me Fra Antonio Santi hic posita anno 1677 die 18 octobris”, e sul fondo “Dantis ossa a me denuper revisa die 3 junii 1677″. La cassetta fu rinvenuta nel 1865, le ossa vennero ricomposte ed esposte in un’arca di legno e cristallo. Furono poi collocate nel sacello realizzato da Morigia e lì si trovano ancor oggi.
Dal 23 marzo 1944 al 19 dicembre 1945, per proteggerle dai bombardamenti, vennero collocate sotto un tumulo coperto di edera, ancor oggi visitabile presso il quadrarco di Braccioforte.